前言
Cygwin 是一套在 Windows 上運行的類 Unix 環境。除了提供 shell 環境外，也包含許多常見的終端機工具，並附帶一個 X Window 環境。透過 Cygwin，習慣使用類 Unix 系統的使用者，可以在 Windows 上延續既有的命令列操作方式，而不需要重新學習另一套工具。
當前定位
Cygwin 並不是 Linux，也不是 BSD，而是一個相對小眾的 POSIX 環境。由於實際使用情境較為有限，通常不太會作為主要工作環境，而是用於偶爾需要 Unix 工具時的輔助系統。
早期的 WSL 採用模擬 Linux syscall 的方式，並非完整的 Linux 環境，因此在使用上存在一些限制。在那段期間，Cygwin 仍然具有一定的定位。不過隨著 WSL 2 提供更接近原生的 Linux 環境，兩者的定位開始重疊，繼續使用 Cygwin 的必要性相對降低。
如果是在較舊版本的 Windows，無法使用 WSL 的情況下，仍然可以考慮使用 Cygwin 作為替代方案。
安裝 (或重裝) Cygwin
本節展示安裝 Cygwin 的基本流程。無論是第一次安裝，或是之後新增套件，都是透過同一個安裝程式進行。
到 Cygwin 網站 下載安裝程式後，點擊以啟動該安裝程式：
Cygwin 提供 32 位元與 64 位元版本，讀者可依需求選擇。本文以 64 位元版本為例。
選擇安裝方式：
本例為首次安裝，因此選擇從網路下載套件。
選擇安裝位置：
若沒有特別需求，通常使用預設選項即可。
選擇本地套件位置：
本地套件主要用於減少後續下載所需的頻寬，建議固定在同一個位置。
因為先前選擇從網路下載套件，在這裡需要設定網路連線方式：
依系統實際情況設定即可。
選擇下載套件的站台：
一般來說，會建議選擇地理位置較近的站台。不過實務上仍可能因為連線狀況不同而有所差異，例如某些情況下，選擇其他地區的站台反而較為順利。
安裝 Cygwin 的重點在於選擇套件：
通常依需求安裝所需工具即可。若對類 Unix 系統尚不熟悉，也可以先使用預設設定，之後再依實際需求補充套件，較容易逐步理解各工具的用途。
Cygwin 安裝程式會進行最後確認：
之後即進入安裝流程。安裝時間會依所選套件數量而有所不同，通常數分鐘內可完成。
最後安裝程式會詢問是否建立捷徑：
完成後即可開始使用。若已熟悉類 Unix 系統，可直接操作；若尚不熟悉，可參考相關入門文章。
Cygwin 的檔案結構
在 Cygwin 中，檔案結構大致遵循 POSIX 慣例，例如使用者會有自己的家目錄（home directory），軟體通常安裝在 /usr 等系統目錄下。在 Windows 中，整個 Cygwin 環境會位於一個獨立資料夾，例如 C:\Cygwin。
一般不建議直接透過 Windows 檔案總管操作 Cygwin 的目錄結構，而是建議在 Cygwin 終端機中進行，以降低發生不可預期問題的可能性。
若需要與 Windows 檔案系統互動，可以透過 /cygdrive 路徑存取。例如，使用者目錄可表示為 /cygdrive/c/Users/user。透過這種方式，可以在 Cygwin 中處理檔案，再交由 Windows 上的其他工具進一步使用。
在 Cygwin 中通常不需管理使用者和群組
由於 Cygwin 是運行在 Windows 上的環境，而非完整作業系統，因此並沒有傳統 Unix 系統中複雜的使用者與群組管理機制。一般會直接使用 Windows 的帳號，同時具備一般使用者與管理者的角色。
通常只需點擊程式即可進入 Cygwin 環境，不需要額外登入。除安裝軟體外，多數操作也會以一般使用者身分進行。
原本的 Cygwin 在安裝套件時，需要離開終端機並重新執行安裝程式；而 Babun 則提供在 Cygwin 環境中直接安裝套件的方式。
在 Cygwin 中使用命令列工具
由於 Cygwin 提供 POSIX 的 shell 環境，在使用 AWK 或 Perl 等工具撰寫 one-liner 時，通常會比在 Windows 的 DOS 環境中來得方便。此外，Cygwin 支援 UTF-8 語系，對於文字處理也有一定幫助。
同時，像是 pipe 或 redirection 等 shell 功能，可以讓使用者更靈活地組合不同的命令列工具。例如，在這樣的環境下使用 Emacs，通常也會比在 DOS 環境中來得順手。
不過需要注意的是，Windows 原生軟體無法直接辨識 POSIX 路徑。在 Cygwin 環境中呼叫 Windows 程式時，需要透過 cygpath 將路徑轉換為 Windows 格式。例如：
$ notepad "`cygpath -w /path/to/file`"在某些情境下，仍然會需要搭配 Windows 原生工具。例如 OpenJDK 在支援度上通常優於 GNU 的 GCJ，因此可以在 Cygwin 環境中編譯 Java 程式，再搭配 Windows 工具使用。
文字檔案的差異
雖然在 Cygwin 與 Windows 環境中可以對同一份文字檔案使用不同工具處理，但兩者在文字處理上仍存在一些差異，主要包括：(1) 編碼（encoding）與 (2) 檔案結尾（end of line）。
在類 Unix 系統中，UTF-8 是較常見的編碼方式；而 Windows 則多依系統語系而定。若檔案僅包含英文，通常影響較小；但若包含中日韓等文字，則可能出現亂碼。
在 GNU/Linux 系統中，可使用 iconv 進行編碼轉換；而在 Windows 上，則可透過 Perl 附帶的 piconv 工具達成類似功能，其使用方式與 iconv 大致相同。
另一個差異在於檔案結尾。不同系統使用不同的換行格式，可能導致顯示或處理上的問題。有些編輯器可自動處理，但若需要手動轉換，可以使用 dos2unix 等工具。
基於上述差異，有些使用者會傾向避免在 Cygwin 或 Bash on Windows 等子系統中直接編輯文字檔案，而改用 Windows 原生工具進行處理。
安裝 Cygwin 套件
安裝新套件需要關閉終端機並重新執行安裝程式，再選擇所需工具。
選擇腳本語言
多數常見的腳本語言，例如 Perl、Python、Ruby 等，都可以在 Cygwin 上使用。對於不涉及 C、C++ 或 Fortran 的套件，通常可以順利安裝。
若需要使用延伸套件，則需額外安裝對應的函式庫。常見函式庫通常已有對應的 Cygwin 套件；若未提供，則可能需要自行編譯，其流程與一般類 Unix 系統大致相同，例如使用 Autotools（GNU Build System）。
標準 C 函式庫
Cygwin 並未使用 GNU 的 glibc，而是採用 Red Hat 所提供的 C 標準函式庫。該函式庫原本用於嵌入式系統，經過補強後已可支援一般用途。
整體而言，其 C API 與 glibc 相當接近，但在某些細節上仍可能存在差異。
在 Cygwin 中編譯軟體的問題
需要注意的是，Cygwin 透過特定的 DLL（動態函式庫）來模擬 POSIX 環境，因此在該環境中編譯出的軟體，通常會依賴這些 DLL，而與原生 Windows 應用程式有所不同。
若 Cygwin 未提供某些 GNU/Linux 軟體，也可以嘗試自行編譯。對於相依性較單純的專案，通常有機會成功；但在編譯前，仍建議先確認是否已有現成套件，以避免重複投入時間。
編譯完成後的程式可在 Cygwin 環境中執行，但並非原生 Windows 應用程式，而是依賴 Cygwin 函式庫。
若需要產生原生 Windows 應用程式，通常會建議使用 msys2 等工具進行編譯，以降低誤用 Cygwin 函式庫的風險。
結語
在 Windows 環境中，若希望使用 POSIX 工具，Cygwin 仍然是一個可行的方案。雖然不如原生 Linux 環境完整，但對於一般用途而言，多半已足夠。
隨著 WSL 的出現，兩者之間形成某種程度的競合關係。由於兩者設計理念相近，實際選擇仍可依個人需求與使用習慣而定。